建设单位在与施工总承包单位签订合同时，应向施工总承包单位提供工程款支付担保，具体担保形式可在合同中约定。建设单位不能及时支付时，依法按照约定的担保方式进行处置，保障工程款及农民工工资按时足额支付。
合同是结算和工资支付的重要依据和保障。《意见》明确，建设单位与施工总承包单位签订的施工合同中，应按照保障农民工工资按时足额支付的需要，明确农民工工资支付要求。坚持农民工先签订合同、后进场施工的原则，用工单位与所招用的农民工应当通过合同约定工资支付标准、支付时间、支付方式等。
依据《条例》相关规定，《意见》要求，在加强合同管理的基础上，施工总承包单位应对农民工信息进行实名登记，汇总、核实农民工个人信息，统一管理所承包工程中的农民工。总承包单位和分包单位应建立农民工用工管理台账和工资支付台账，保存至工程完工且工资全部结清后至少3年，发生农民工工资支付争议时，用工单位应当向有关部门提供其依法保存的材料。
《意见》结合行业实际情况，进一步明确了工资保证金制度有关要求，按“无拖欠可减免、有拖欠可提高”原则实行差异化管理，完工后无拖欠应及时退回，既引导企业做好工资支付保障，同时也尽量减轻企业负担。
《意见》在总结近年来公路水运建设领域保障农民工工资支付工作的基础上，强调施工总承包单位对分包单位负有管理责任，坚决杜绝以包代管；压实用工单位对所招用农民工的工资支付所负直接责任。要求做好宣传引导、农民工培训和普法教育，提高农民工劳动技能和依法维权的能力；加强组织领导，将工资支付情况作为监督检查和信用评价的重点内容，注重部门协同，形成工作合力，更加有效地维护农民工合法权益。
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